Si mi hechicero Reina del Cuervo-patrón tiene un modificador de Carisma negativo, ¿tengo un "bono" de -1 a los chequeos de Percepción con el cuervo en el hombro?

En esta situación, tu personaje debería poder elegir si utilizar esta característica de clase o no, conservando así la capacidad de excluir este modificador negativo. Sin embargo, si (por alguna razón) decide utilizar esta característica, incurrirá en el modificador negativo.

Deduzco esta conclusión de dos puntos:

1. En un sentido de juego de rol, el personaje es capaz de tomar decisiones y percibir las cosas como un individuo, independientemente de las características de la clase, ya que el Cuervo Centinela no está imponiendo este estado en el personaje en contra de su voluntad.

2. La cita de Unearthed Arcana: Warlock & Wizard lee

   Mientras el cuervo se posa en tu hombro, tú ganar Visión oscura con un alcance de 30 pies y una bonificación a tu puntuación pasiva de Sabiduría (Percepción) y a los chequeos de Sabiduría (Percepción). El bono es igual a tu modificador de Carisma.

(El énfasis es mío)

A falta de una normativa específica, me inclino por los términos "ganancia" y "bonificación" para inferir una implicación positiva, lo que permite elegir la mejor de las dos posibilidades.

Yo dictaminaría que su bono es mínimo de 1, de lo contrario no es un beneficio, y la intención es que sea algún tipo de beneficio. Tener un cuervo que te ayude a percibir cosas no tiene sentido si causa una penalización. Esto no está apoyado en el RAW, pero se trata de la equidad para el jugador, que creo que es más importante que el cumplimiento estricto de las reglas.