Si bien no puedo señalar ningún respaldo científico, mi experiencia personal y la experimentación terminaron con el doble de mis mazos. Además de obtener protección de los seis lados en lugar de sólo cinco de ellos, también en la gran mayoría de los casos terminará con tarjetas a prueba de agua, y debido a la rigidez adicional, al menos se sienten como si no se doblaran tan fácilmente (aunque, por supuesto, es sólo capas delgadas de plástico que estamos hablando aquí, por lo que nunca será capaz de soportar cualquier intento serio de dañar la tarjeta).
En cuanto a la forma de barajar, si estás acostumbrado a barajar mazos con funda sin usar la fuerza, barajar dos veces un mazo no añade mucha dificultad, incluso para mazos de tamaño Commander. Podría ver que para los jugadores con manos pequeñas, podría ser potencialmente más difícil, pero en cualquier caso, recomendaría simplemente probarlo unas cuantas veces (quizás con el mazo de otra persona), y verás rápidamente si es para ti.
Aunque seguramente se trata de una preferencia personal, he descubierto que la combinación de fundas interiores KMC Perfect Fit y fundas exteriores Ultra Pro Pro-Matte es la que mejor me funciona.
Como se ha dicho en los comentarios, no es factible hacer eso a toda tu colección, lo que podrías suponer si lo que estás haciendo es usar fundas de penique para guardar cartas - esto es simplemente una sugerencia para las cartas que realmente se van a jugar, y por lo tanto están realmente expuestas al desgaste. En general, el coste de la doble funda de un mazo será mucho menor que el de tener que reemplazar incluso una carta de precio medio para un mazo de EDH. Este es ciertamente el caso de Espiral del tiempo que en el momento de escribir esto tendría que pagar unos 120 dólares. En mi opinión, tiene más sentido pensarlo así, en lugar de pagar por fundas dobles para proteger un montón de islas.