¿Cómo borrar un elemento de cualquier tipo de datos?

Puedes solucionar tu problema utilizando más bloques de comandos + un marcador. Puedes crear 1 bloque de comando con el siguiente comando:

/clear @p golden_sword 0 1

luego sigue ese bloque de comando con un bloque de comando encadenado

/scoreboard players add @p swordCount 1

crea otro bloque de comando con el siguiente comando:

/clear @p golden_sword 1 1

luego sigue ese bloque de comando con un bloque de comando encadenado

/scoreboard players add @p swordCount 1

Repite este proceso hasta tener 32 bloques de comandos cada uno intentando limpiar una espada dorada de su respectivo recuento de datos.

Una vez que el jugador tenga 2 puntos en el marcador swordCount, se le habrían quitado dos espadas doradas.

Necesitas asegurarte de que los bloques de comandos se apaguen cuando el jugador obtenga dos puntos, de lo contrario les quitarán TODAS sus espadas doradas en lugar de dos

Restablece su swordCount después/de que los otros bloques de comando se apaguen/se desactiven/dejen de estar activos

Según Minecraft Wiki

Si no se especifica, o si -1, se eliminan todos los elementos que coincidan con nombreElemento: Elemento, independientemente de sus datos.

Por lo tanto, deberías poder usar -1 en lugar del valor de datos para borrar todos los valores de datos.