Por lo que he podido encontrar, el pequeño icono del cofre del tesoro significa que has encontrado todos los cofres de ese Santuario.
GameFAQs :
Sí, significa que los tienes todos en el santuario. Es bueno para los recorridos de finalización.
Otro GameFAQs :
significa que tienes todos los cofres en ese santuario. Si tus otros santuarios no lo tienen, significa que te perdiste algunos de los cofres de bonificación
El icono aparece si no hay más cofres que abrir en el Santuario, y aparece aunque no haya pecho . Si no hubiera ningún icono de cofre azul junto a un Santuario con cero cofres, la gente pasaría horas y horas para buscar un cofre que no existe y se frustraría mucho.
Una más de GameFAQs que dice lo mismo (no se molestó en incluir una cita).