No puedes almacenar más de lo que recibes, así que sí, cualquier recurso extra que obtengas a través del saqueo se desperdicia después de asaltar a un jugador.
En este escenario, tampoco podrás recoger recursos de los colectores en cuestión y en su lugar se acumularán en el propio almacén de tu colector (cada colector tiene algo de almacenamiento).
Esto es válido tanto para el oro como para el elixir y el elixir oscuro. Si los almacenes de tus recolectores están llenos, no producirán más recursos hasta que estos sean recolectados.
Información adicional:
Del mismo modo, los recursos extra obtenidos de las bonificaciones de guerra también se perderán si el almacén de tu castillo de clan está lleno en el momento de recibirlos, por lo que es conveniente recoger los recursos de tu castillo de clan antes de que termine una guerra si está lleno o si el botín que recibas superará la capacidad de recursos del castillo de clan.